La estructura administrativa es subdivida en dos áreas: la Secretaría-General de la Junta Directiva y la Dirección-General. La Secretaría-General dirige, ordena y orienta las actividades legislativas, mientras la Dirección-General es responsable por el planeamiento, la coordinación y el control de las actividades administrativas de la Casa.

El Plenario

El Plenario es el órgano máximo de deliberación de la Casa. En él los representantes del pueblo, reunidos en su totalidad, discuten y votan soberanamente las proposiciones tramitando, en el cumplimiento de la función constitucional otorgada al Poder Legislativo de elaboración del ordenamiento jurídico y de fiscalización financiera y presupuestaria. 

El Presidente es el representante de la Cámara de los Diputados cuando ella se pronuncia colectivamente y el supervisor de sus trabajos y de su orden. Su principal competencia es definir la pauta de proposiciones a deliberarse por el Plenario. Entre otras atribuciones, el Presidente de la Cámara de los Diputados sustituye el Presidente de la República e integra el Consejo de la República y el Consejo de Defensa Nacional.   

La Junta Directiva tiene la tarea de dirigir los trabajos legislativos y los servicios administrativos de la Casa. Es un órgano colegiado, integrado por siete diputados elegidos entre los parlamentarios de la Casa. La Junta tiene competencias específicas, como, por ejemplo, la de promulgar, junto con la Junta del Senado Federal, las enmiendas a la Constitución y de proponer cambios al Reglamento Interno. El mandato de los miembros de la Junta es de dos años. 

• Conozca la Junta Directiva 

A la Secretaría-General de la Junta Directiva compite el asesoramiento de la Junta en todos los trabajos legislativos y de la Presidencia en el desempeño de sus atribuciones. Dirige, ordena y orienta las actividades legislativas de la Cámara de los Diputados, así como acompaña y da asesoría a las sesiones plenarias y demás eventos de carácter técnico-político relacionados con las actividades legislativas.

Partiendo del trabajo realizado por la Secretaría-General, las proposiciones recibidas son, de inmediato, numeradas en proceso electrónico y tornadas disponibles, con texto integral, en la página de la Cámara de Diputados en la Internet. Como seguimiento, son encaminadas a la etapa de análisis y elaboración del despacho del Presidente de la Casa, que las enviará a las comisiones a las cuales les compite, para examen y parecer. Su trámite es registrado en el Sistema de Información Legislativa. De ese modo, el Diputado y otros interesados podrán acompañar, paso a paso, todo el andamiento de la proposición en el sitio de la Cámara.

La Dirección-General

La Dirección-General planea, coordina, orienta, dirige y controla todas las actividades administrativas de la Casa, según las deliberaciones de la Junta Directiva. A ella están directamente subordinadas la Directoria Legislativa, la Dirección Legislativa, La Dirección Administrativa y la Dirección de Recursos Humanos.

Las comisiones

En las comisiones, las propuestas son analizadas por grupos menores de parlamentarios. Es el local donde se busca profundizar el debate de las materias antes de someterlas al análisis del Plenario. Las comisiones promueven, incluso, debates y discusiones con la participación de la sociedad en general, sobre todos los temas o asuntos de su interés. Tienen funciones legislativas y fiscalizadoras.

Las comisiones pueden ser permanentes, temporales o mixtas. Cabe destacar las labores desarrolladas por la Comisión de Legislación Participativa. A través de ella, la Cámara de los Diputados se abre a la sociedad civil la posibilidad de enviar sugerencias de iniciativa legislativa. Si esas propuestas recibieren parecer favorable de la comisión, serán transformadas en proposición.

Las comisiones pueden:

- realizar audiencias públicas;

- convocar Ministros de Estado para fornecer aclaración sobre temas relacionados a sus atribuciones;

- recibir peticiones, reclamaciones o representaciones de cualquier persona contra actos u omisiones de las autoridades o entidades públicas;

- determinar la realización de diligencias, pericias, inspecciones y auditorias de naturaleza contabilista, financiera, presupuestaria, operativa y patrimonial, en las unidades administrativas de los tres Poderes y de la Administración directa e indirecta. 

Las comisiones pueden tener el poder conclusivo de aprobar en definitivo determinados proyectos de ley, dispensada la atribución del Pleno.

Existen dos especies de comisión: las permanentes y las temporarias. Las comisiones permanentes se caracterizan por la duración continua y por integraren la estructura institucional de la Casa legislativa, mientras las temporarias son creadas para cumplir un objetivo específico y, después de la realización de sus trabajos o por el decurso del plazo, son extintas. La comisión temporaria tiene duración máxima de una legislatura. 

Los Diputados, agrupados en representaciones partidarias o bloques parlamentarios, eligen sus líderes, que, entre otras atribuciones, ordenan las votaciones en las Comisiones y en el Plenario, donde pueden utilizarse de la palabra, en cualquier tiempo de la sesión, para tratar de tema de importancia nacional o defender determinada línea política. Los Líderes también indican los diputados para componer las Comisiones Técnicas y registran los candidatos para concurrir a los cargos de la Junta Directiva. El Presidente de la República podrá indicar diputado para ejercer el Liderazgo del Gobierno, compuesto de un Líder y diez Líderes Adjuntos.

El Colegio de Líderes

El Colegio de Líderes es un órgano de discusión y de negociación política y es fundamental al proceso legislativo, pues permite la conciliación entre los distintos intereses de las categorías representadas en la Casa. El Colegio y Líderes está compuesto por los Líderes de la Mayoría, de la Minoría, de los partidos, de los bloques parlamentarios y del Gobierno.

La Corregidoría Parlamentaria

Tras elegida, la Junta designa cuatro de sus miembros efectivos para responsabilizarse, en el ejercicio del cargo de corregidor  y de corregidores sustitutos, por el mantenimiento del decoro, del orden y disciplina en ámbito de la Casa. El corregidor preside preside las investigaciones que envuelvan diputado.

El Comité de Ética y Decoro Parlamentario

El  Comité de Ética y Decoro Parlamentario es el órgano encargado del procedimiento disciplinario destinado a la aplicación de sanciones en casos de incumplimiento de las normas al decoro parlamentario. Las labores del Comité de Ética se rigen por reglamento administrativo propio, que dispone sobre los procedimientos a observarse en el proceso disciplinario parlamentario. En casos de proceso disciplinario, el Comité actúa por provocación de la Junta. Corresponde al Comité, entre otras atribuciones, garantizar el respeto a los principios éticos, cuidando de la preservación de la dignidad parlamentaria y instaurar el proceso disciplinario y proceder a los actos necesarios a su instrucción.

Responsable de la defensa de la Cámara, de sus órganos y miembros ante la sociedad, debido al ejercicio del mandato o atribuciones institucionales, la Procuraduría Parlamentaria proporciona la defensa judicial y extrajudicial de la Casa, a través del abogado, del Ministerio Público o de la Abogacía General de la Unión, y también promueve la amplia publicidad reparadora, con derecho a respuesta, derecho a indemnización por daño moral o material, en el caso de algún órgano de comunicación transmitir materia ofensiva a la Casa o a sus miembros. Ella está compuesta por once miembros, asignados por el Presidente de Cámara, con mandato de dos años.

Secretaría de la Mujer

La Secretaría de la Mujer es un órgano político e institucional que trabaja en beneficio de las niñas y mujeres brasileñas para convertir a la Cámara de Diputados en un centro de debates sobre la igualdad de género y la defensa de los derechos de las mujeres en Brasil y en el mundo. Está compuesta por:

• la Coordinación General de Derechos de la Mujer (que representa a la Bancada Femenina), 

• la Procuraduría de la Mujer y 

• el Observatorio Nacional de la Mujer en la Política (ONMP).