O arquivo intermediário é integrado por documentos da segunda idade ou semiativos, que, tendo cessada ou reduzida sua utilidade nas unidades onde se acumularam, continuam a oferecer perspectiva de uso eventual, por prazos variáveis, muitas vezes vinculados a questões legais.

O acervo em fase intermediária está em constante alteração porque parte dele pode ser recolhido ao arquivo permanente, enquanto outra parte, conforme destinação aprovada pela Comissão de Avaliação de Documentos e registrada na Tabela de Temporalidade, pode ser descartada depois de algum tempo. Além disso, as unidades transferidoras podem solicitar o desarquivamento de documentos, fazendo que com retornem à fase de tramitação.

Apesar de encontrar-se sob a custódia da Coordenação de Arquivo, o acesso a esses documentos deve ser aprovado pelas unidades administrativas que os transferiram para guarda intermediária, uma vez que podem estar sujeitos a restrições de acesso legais ou por serem documentos classificados.