Segundo o Regimento, o Senado e a Câmara se revezam na presidência que tem eleição anual. A Comissão Mista de Controle das Atividades de Inteligência do Congresso é formada pelos presidentes das comissões de Relações Exteriores e de Defesa Nacional e pelos líderes do governo e da minoria do Congresso Nacional. O presidente do Senado, José Sarney (PMDB/AP), e da Câmara dos Deputados, Marco Maia (PT/RS), também são membros da Comissão de Inteligência.

Perpétua Almeida, que assumirá a vice-presidência da Comissão de Inteligência, informou que insistirá para que o Congresso regulamente o Regimento Interno da Comissão ainda este ano.