O tamanho das bancadas é fundamental nessas negociações, já que o Regimento Interno da Câmara determina que a escolha dos presidentes das comissões respeite o princípio da proporcionalidade partidária. No entanto, também poderão ser formados blocos parlamentares até o dia 1º de fevereiro, para a divisão das comissões entre os partidos. Ou seja, as maiores bancadas ou blocos parlamentares, no dia da posse, têm prioridade na escolha das comissões que pretendem presidir.

A maior bancada eleita da Câmara de deputados é a do PT, com 69 deputados. Depois vem o PMDB, com 65; e o PSDB, com 54. Em geral, o maior partido da Casa escolhe, para presidir, a Comissão de Constituição e Justiça e de Cidadania (CCJ), considerada a mais importante da Câmara, já que todas as propostas em tramitação passam pelo colegiado. A Comissão Mista de Orçamento, que analisa as prioridades orçamentárias do País, também costuma ser bastante disputada.

Os nomes apresentados pelos líderes partidários para a presidência das comissões permanentes costumam ser referendados pelos integrantes dos colegiados, nas eleições para as mesas diretoras de cada comissão. As eleições são convocadas pelo presidente da Câmara até cinco sessões depois de constituídas as comissões. Além de um presidente, são eleitos três vice-presidentes, todos com mandato de um ano. É proibida a reeleição para qualquer um desses cargos.

Integrantes
A composição dos colegiados também deve respeitar a proporcionalidade das bancadas eleitas. Nesse caso, também é levada em conta a formação de blocos parlamentares, que, conforme o Regimento, devem ter o mesmo tratamento dispensado aos partidos com representação na Casa. A distribuição das vagas nas comissões permanentes entre os partidos e blocos será mantida durante toda a legislatura, mesmo que haja alterações numéricas nas bancadas, por conta de mudanças de filiação partidária.

O número de membros efetivos de cada comissão permanente é fixado por ato da Mesa Diretora, ouvido o Colégio de Líderes, na primeira sessão do Plenário da legislatura. Após a definição do número de integrantes de cada comissão, os líderes comunicarão à Presidência, no prazo de cinco sessões, os nomes dos membros das respectivas bancadas que, como titulares e suplentes, as integrarão.

O Regimento determina que todo deputado seja titular de uma comissão permanente, podendo chegar a duas se a segunda for a Comissão de Legislação Participativa ou a Comissão de Segurança Pública e Combate ao Crime Organizado.

Além de integrar as comissões permanentes, os novos deputados poderão fazer parte de comissões especiais, formadas em caráter temporário para o exame de Propostas de Emenda à Constituição (PECs), projetos de código e projetos de lei que tratem de matéria de competência de mais de três comissões permanentes, no que se refere à análise do mérito.