A auditoria interna na Câmara dos Deputados é exercida pela Secretaria de Controle Interno (Secin), que tem o  propósito de exercer o acompanhamento e a fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial, além de efetuar a verificação e a avaliação dos resultados obtidos pelos administradores públicos, no âmbito da Câmara dos Deputados, observados os princípios definidos no art. 37 da Constituição Federal de 1988 (CF). Associam-se a essas competências aquelas descritas no art. 74 da CF, compreendendo, dentre outras, a avaliação do cumprimento das metas previstas e o apoio ao controle externo em sua missão institucional.

A auditoria interna é uma atividade independente e objetiva de avaliação e de consultoria estabelecida para aumentar e proteger o valor organizacional da Câmara dos Deputados. Por meio do exercício da atividade de auditoria interna, busca-se auxiliar a Casa a alcançar seus objetivos institucionais, a partir da aplicação de uma abordagem sistemática e disciplinada, de modo a avaliar e melhorar a eficácia dos processos de gerenciamento de riscos, de controles internos da gestão e de governança.

A atuação da Secin concretiza-se por meio das ações de controle que englobam avaliação (auditoria), consultoria, levantamento, inspeção e auditoria de gestão, bem como as ações obrigatórias de: análise de atos de pessoal, análise de Tomada de Contas Especial (TCE) e Análise do Relatório de Gestão Fiscal (RGF), sem prejuízo de outras ações previstas em lei e normativos aplicáveis.

Em observância à Lei de Acesso à Informação (Lei nº 12.527/2011), a Secin publica as ações de controle realizadas na Casa. Os relatórios são publicados a partir do primeiro monitoramento, isto é, após manifestação do gestor acerca das recomendações expedidas pela Secin.